واجه الصندوق انتقادات متزايدة بشأن غياب الشفافية ووضوح القرارات المتعلقة بأعماله. ولمواجهة هذه الانتقادات، أقدمت السلطات القضائية في عهد السيسي على إجراء تعديلات على قانون تأسيس الصندوق.