مع تدمير معظم آبار مدينة خان يونس ومنع الاحتلال الإسرائيلي للسيارات بالتحرك نحو مكبات النفايات المعتمدة، يواجه سكان المدينة تهديدا صحيا وبيئيا نتيجة تزايد أعداد النازحين والتكدس الهائل للنفايات.